home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Hyper Stacks 1994 May / Hyper Stacks (Pacific HiTech)(1994)[Mac].iso / Science / Biology / DNA / Sample Input⁄Output / About_Sample_Data.dd / About_Sample_Data.dd
Encoding:
Text File  |  1991-09-25  |  4.7 KB  |  90 lines  |  [APPL/LETR]
  1. DNA Translator Package consists of the following:
  2.  
  3. DNA Translator [stack 711K]
  4. Aligner [stack 84K]
  5. DNA Translator Intro [help text 18K]
  6. Sample Input/Output [folder]
  7.    12S rRNA [folder]
  8.       Samples to input [folder]
  9.          EuGene Input [Sample Data #1 7K]
  10.          Phylip.result Input [Sample Data #2 14K]
  11.       Sample output files [folder]
  12.          EuGene String Output [Sample Data #3 4K]
  13.          Paup Output [Sample Data #4 7K]
  14.          Hennig86 Output [Sample Data #5 4K]
  15.          Phylip Output [Sample Data #6 4K]
  16.    Sturgeon CytB [folder]
  17.          GenBank Format Input [Sample Data #7 4K]
  18.          Nucleotide String Output [Sample Data #8 4K]
  19.          Peptide String Output [Sample Data #9 4K]
  20.          Reading Frame Output [Sample Data #10 7K]
  21.    About Sample Data [help text 20K]
  22.    Version History [help text 39K]
  23. Sequences [folder -- do not change name or directory]
  24.    BTAMTCG [cow mtDNA 21K]
  25.    DYAMTCG [Drosophila mtDNA 21K]
  26.    GGAMTCG [chicken mtDNA 18K]
  27.    HSAMTCG [human mtDNA 21K]
  28.    MMUMTCG [mouse mtDNA 21K]
  29.    PAUMTCG [Paramecium mtDNA 42K]
  30.    PLIMTCG [Urchin - Paracentrotus mtDNA 21K]
  31.    RNOMTCG [Rat mtDNA 21K]
  32.    SPOMTCG [yeast mtDNA 25K]
  33.    SPUMTCG [Urchin - Strongylocentrotus mtDNA 21K]
  34.    XLAMTCG [frog mtDNA 21K]
  35.    MPOCPCG [liverwort cpDNA - Provided upon request 119K]
  36.    NTACPCG [tobacco cpDNA - Provided upon request 158K]
  37.    OSACPCG [rice cpDNA - Provided upon request 133K]
  38. Sequence Speaker [stack - Provided upon request 161K]
  39. Codon Usage [Excel format matrix 109K]
  40.  
  41. Everything except files listed as "Provided upon request" are distributed in 
  42. compressed form as a self-extracting archive (Compact Pro)
  43.  
  44.  
  45.                   About Sample Input/Output Data
  46.  
  47. To facilitate a first-time user's experience with DNA Translator, I have
  48. provided two sets of sample data. The first, a portion of small (12S)
  49. rRNA-encoding gene for four vertebrates and one urchin, contains sample aligned
  50. data from EuGene ("EuGene Input") [SD #1], which can be directly converted to
  51. Nexus (PAUP) [SD #3] or string formats [SD #4] by selecting "Aligned Nucleotides..." 
  52. from the Convert Menu and by clicking on the corresponding option in the resulting
  53. dialog box. The string output file [SD #3] is also suitable as an input file for 
  54. any of the conversions in the dialog box resulting from selecting "String 
  55. Nucleotides..." from the Covert menu, or "Import Multiple" from the File menu of
  56. the Aligner stack. The PAUP output file [SD #4] likewise can be used as sample input 
  57. to test conversion of Nexus format to either "Hennig86 Output" [SD #5] or 
  58. "Phylip Output" [SD #6] by selecting "Nexus Nucleotides..." from the Convert menu. 
  59. These data files should be ready-to-use for analysis by those programs. If you 
  60. analyze the "Phylip Output" file [SD #6] with PHYLIP 3.3, Phylip will output a 
  61. file which should resemble "Phylip.result Input" [SD #2] which could then be 
  62. reconverted to string [SD #3], PAUP [SD #4] or Hennig86 [SD #5] formats.
  63.  
  64. The second folder contains a single GenBank™ sequence ("GenBank Format Input") 
  65. [SD #7] saved by screen capture as it appeared on the screen while logged onto the 
  66. Wisconsin GCG package via remote terminal. Select "Nucleotide Strings..." from the 
  67. Convert Menu and select the radio button for converting a GenBank formatted file 
  68. to a string sequence ("Nucleotide String Output") [SD #8], which can then be 
  69. translated into formatted reading frame(s) as in "Reading Frame Output" [SD #10] 
  70. or as "Peptide String Output" [SD #9]. You are not limited to single sequences, 
  71. and if you have accumulated several peptide strings that are close to being aligned, 
  72. you can save them "As Is" by selecting "String Peptides" from the Convert menu, 
  73. and "Import Multiple" from the File menu of the Aligner stack. You could also 
  74. interleave the strings from "String Peptides" in the Convert menu, with or without
  75. dashes for indicating match characters (base pairs that match the first 
  76. interleaved sequence). Similarly, "Match" and "Unmatch" in the Edit menu of the
  77. Aligner stack allow a rapid toggling between match and no match characters. A 
  78. number of other conversion options are provided from "Nucleotide strings" or 
  79. "Peptide strings..." under the Convert menu for importing single or multiple
  80. sequences back into EuGene, CLUSTAL or various other molecular biology software
  81. packages. 
  82.  
  83. Besides converting either GenBank or EMBL format sequences to strings, you can 
  84. also convert them to "smart" gene maps, example of which are found on the
  85. gene mapping cards of DNA Translator. This depends on the standard documentation 
  86. accompanying many GenBank/EMBL sequences which lists various features by 
  87. coordinates. This optional conversion is performed during the normal conversion
  88. (e.g., SD #7 -> #8), but the matrix produced then needs to be imported as a
  89. "New Card" from any gene mapping card.
  90.